År 1613 förlänades gården till Peder Banér, en släkting till den avrättade Sten Axelsson Banér. år 1619 heter ägaren riksrådet Lars Eriksson Sparre, som avled 1646 och som begravdes i Ytterjärna kyrka.
1692 drogs egendomen in till Kronan i samband med Karl XI:s reduktion. Från den tiden finns en karta över trakten, upprättad av lantmätaren Erik Agner, och på platsen för gårdens corps-de-logi visas en tvåvåningsbyggnad med torn och högt uppdragna gavlar. Samma bild av Engsholm har man i Erik Dahlbergs "Suecia Antiqua et hodierna", där gården syns i fonden på planschen av Hörningsholms slott.
